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Die Zwergseeschwalbe ist nur in Osteuropa recht begrenzt verbreitet, während ihr Verbreitungsgebiet andernorts sehr fragmentiert ist und in Nordeuropa fast nicht existiert. In Slowenien brütet sie ausschließlich an der Küste, nur in den Salinen von Sečovlje und im Naturschutzgebiet Škocjanski-Bucht.
In den Salinen von Sečovlje brütet er seit 1985, und seit mehr als zehn Jahren haben dort nicht mehr als drei Paare gebrütet. Erst im Jahr 2002 nisteten mehr als zehn Paare, 2005 mehr als 20 Paare und 2012 sogar 72 Paare. Danach ging die Population zurück, und im Jahr 2016 nisteten weniger als 30 Paare. Die Zwergseeschwalbe nistet in Kolonien an sandigen und kiesigen Meeresküsten, in Salzwiesen, auf Inseln sowie an den Ufern von Seen und großen Binnenflüssen. In den Salinen von Sečovlje nistet sie in kleinen, verstreuten Kolonien an den Ufern größerer Tümpel, an niedrigen, unbegrünten Böschungen, auf kleinen Schlamminseln oder auf Fossilienbänken inmitten größerer Salinen, wobei sie Böden mit wenig oder gar keinem Bewuchs wählt und das Nest bescheiden mit Schnecken- und Muschelschalen auskleidet. In den Salinen von Sečovlje nisteten im Zeitraum 2002-2015 12-72 Paare von Zwergseeschwalben auf einer Fläche von 47 ha, was einer Dichte von 0,3-1,5 Paaren/ha entspricht.
Es ist kein Trend zum Erhalt der Zwergseeschwalbe in Europa bekannt, aber weltweit ist ihr Bestand rückläufig. Da die Zwergseeschwalbe bevorzugt an den tiefsten Stellen nistet, fast auf Höhe des Wasserspiegels, ist ihr Bruterfolg aufgrund der Nestbewässerung oft gering. In den Salinen von Sečovlje ist sie außerdem durch unzureichende Wasserstände aufgrund der Wetterbedingungen (starke Regenfälle, die dazu führen, dass die Eier am Substrat kleben bleiben und zusammenbrechen) und eine unzureichende Bewirtschaftung des Wasserhaushalts für die Salzgewinnung (schlechte Kontrolle der Wasserstände, baufällige Infrastruktur), Raubtiere (Rabenkrähe, Elster, Fuchs), Spaziergänger und ungeeignete Formen der Freizeitgestaltung (Baden, Beschmieren mit Salzschlamm) bedroht. Eine aktive Salzgewinnung, die Deiche und ein angemessenes Wasserregime gewährleistet, trägt zur Erhaltung der Zwergseeschwalbe bei. Die vorgeschlagenen Erhaltungsmaßnahmen für die Art sind ein angemessener Wasserstand in den für die Brut interessanten Gebieten und die Aufrechterhaltung eines angemessenen Wasserregimes.
*Die Salinen von Sečovlje gelten als qualifizierte Art in einem günstigen Erhaltungszustand.