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Der Seeregenpfeifer ist an den Küsten Europas verbreitet, kommt aber auch im östlichen Teil des Kontinents im Binnenland vor. Hier ist er ein seltener Küstenbrüter. Er nistet in den Salinen von Sečovlje, und einige Paare nisten auch in den Salinen von Strunjanaski und in der NRSZ.
Der Seeregenpfeifer nistet nicht mehr im Gebiet der Ankaran bonifika und im Hafen von Koper. Die gesamte slowenische Population nistet in einer Höhe von nur wenigen Metern über dem Meeresspiegel. In den Salinen von Sečovlje nistet der Seeregenpfeifer vor allem auf trockenen und unbegrünten Böschungen oder auf dem Boden der trockengelegten Salinen. Er nistet auch auf Dämmen mit salzliebender Vegetation, wo sich das Nest fast immer im Schutz einer der Halophyten befindet. In den Salinen von Sečovlje brüteten im Zeitraum 2002-2015 zwischen 11 und 64 Paare auf einer Fläche von 192 ha, was einer Dichte von 0,06-0,33 Paaren/ha entspricht. Höhere Brutdichten sind typisch für Sandbänke und Salzwiesen, während geringere Dichten typisch für weniger homogene Lebensräume sind, wie z. B. in den Salinen von Sečovlje, wo der Seeregenpfeifer meist auf schmalen, von Wasser umgebenen Salzwiesen nistet. Die mit TRIM berechnete Populationsentwicklung in den Salinen von Sečovlje zeigt einen steilen Anstieg der Population. Daten aus dem Gebiet aus den Jahren 2007 und 2008 zeigen jedoch, dass der Bruterfolg des Seeregenpfeifer bei 0,5-0,8 Jungtieren pro Brutpaar liegt und dass die Population bereits nach zwei Jahren um 10-20 % zurückgeht. Bedroht wird er vor allem durch die Witterungsbedingungen (Überschwemmungen aufgrund starker Regenfälle), eine unzureichende Wasserbewirtschaftung, die Anzahl geeigneter Nistplätze, Raubtiere und - in geringerem Maße - durch Störungen während der Brutzeit. Auf globaler und europäischer Ebene ist der Bestand rückläufig.
*In den Salinen von Sečovlje gilt er als qualifizierte Art in einem ungünstigen Erhaltungszustand.