In den letzten hundert Jahren ist das Gebiet des Salzlandschaftsparks Sečovlje auch für seine Vögel bekannt geworden, von denen bisher mehr als 300 verschiedene Arten registriert wurden. Die Salinen sind ein großes Gewässer, das Vögel auf ihrem Zug als Nahrungs-, Schlaf- oder Überwinterungsgebiet nutzen. Einige von ihnen nisten auch in den Salzwiesen. Auch die typischen Lebensräume der Pflanzen- und Tierarten beschränken sich hier auf die verschiedenen Salinenfelder, Salzkanäle und Deiche.
Die Vögel sind jedoch bei weitem nicht die einzigen Bewohner der Salzwiesen. Die Lebensräume der Salinen von Sečovlje beherbergen auch viele kleinere Tiere, von denen viele ihren einzigen Lebensraum in Slowenien haben. Im flachen Salzwasser leben Polychaeten, Krebse, Muscheln, die Larven einiger Fliegenarten und eine ganze Reihe anderer Tiere, die eine verlockende Nahrung für Vögel darstellen. In den Salinen leben mehrere Bienenarten, die es nur hier in Slowenien gibt. Die Salzwiesen beherbergen auch mehrere Arten von pflanzenfressenden Tausendfüßlern.
Im Salzlandschaftspark Sečovlje wurden insgesamt 900 Schmetterlingsarten (viele von ihnen sind neu in der slowenischen Fauna), 40 Heuschreckenarten, zwei Arten von Gottesanbeterinnen, 36 Libellenarten, fünf Amphibienarten und acht Reptilienarten gezählt. Davon sind 48 geschützte Schmetterlingsarten, eine geschützte Gottesanbeterin, fünf geschützte Amphibienarten und sechs geschützte Reptilienarten. 57 Schmetterlingsarten, vier Amphibienarten und sechs Reptilienarten stehen auf der Roten Liste der bedrohten Arten. Zwei Schmetterlingsarten und eine Reptilienart stehen auf der Liste der Natura 2000-Arten. Allein diese Daten zeigen, wie wichtig die Salinen von Sečovlje für die Erhaltung seltener und geschützter Arten sind, obwohl es sich um ein flächenmäßig relativ kleines Schutzgebiet handelt.