V habitatih Sečoveljskih solin prebiva tudi veliko manjših živali in mnoge od njih imajo tu sploh edino prebivališče v Sloveniji. Slana močvirja kar kipijo od življenja. V plitvi slani vodi živijo mnogoščetinci, rakci, školjke, ličinke nekaterih vrst muh in še cela vrsta bitij, ki so vabljiva hrana pticam. Na območju solin živi nekaj čebeljih vrst, ki jih v Sloveniji najdemo le tu. Slanoljubne rastline v solinah gostijo tudi več vrst rastlinojedih stenic. Na trstju živijo nenavadni pajčji škržatki in kratkokrile vitke stenice. Po vlažnem solinskem blatu tekajo obrežne stenice.