Tako se mali sesalci na solinah v nasprotju s svojimi večjimi sorodniki ne morejo izogniti številnim nevšečnostim. V solinah živijo vrtna rovka, jež, belonoga miš, hišna miš, pritlikava miš, črna podgana in etruščanska rovka, opazili pa so tudi nekatere redke vrste netopirjev. V Sečoveljskih solinah ni veliko vrst plazilcev.  Med kuščarji je najbolj pogosta poljska primorska kuščarica, ki živi na solinskih nasipih in med razvalinami solinskih hiš. Od kač živi v solinah le črnica, ki ni strupena.