Metoda in popisna površina se med leti ne smeta spreminjati, saj bi s tem izgubili primerljivost rezultatov. Idealno je tudi, če isto območje vselej popisuje isti popisovalec. S pomočjo monitoringa oziroma rednega spremljanja izbranih vrst pridobivamo podatke o nihanjih njihovih populacij vrst oziroma njihovih trendih. Poznavanje tega je ključno pri opredeljevanju njihovega varstvenega statusa, postavljanju varstvenih prioritet in ustreznem načrtovanju varstvenih ukrepov na najpomembnejših območjih. Države članice Evropske unije obvezuje k spremljanju vrst in njihovega varstvenega statusa na območjih Natura 2000 tudi Direktiva o pticah.

Kakšni so rezultati monitoringa?
Rezultati monitoringa (spremljanja) v KPSS so predstavljeni v poročilih o monitoringu v KPSS za posamezno leto ali obdobje. Vsi rezultati so na voljo tudi pri upravljavcu KPSS.
 
Kako se monitoring izvaja?
Monitoring se izvaja po letnem programu KPSS. Predlog programa pripravi nosilec monitoringa v sodelovanju z naravovarstvenimi nadzorniki.

Kaj določa program monitoringa?
Program določa mesta popisovanja, pogostost popisovanja, popisovalce in obdelavo podatkov.

Kaj je mesto popisovanja?
Mesto popisovanja je območje ali podobmočje KPSS, ki je opredeljeno z imenom območja in oznako. Mesto popisovanja se praviloma ne spreminja. Na mestu popisovanja popisovalec pridobiva podatke.

Kaj so navodila za popisovanje?
Navodila za popisovanje so del programa, ki natančneje določa kriterije za popisovanje in tehniko popisovanja. Zapisana so v metodah dela letnega poročila o monitoringu v KPSS.

Kaj se zgodi, če rezultati popisovanja kažejo na nenadne spremembe v nihanju populacije živalskih in rastlinskih vrst, ali spremembah njihovega življenjskega okolja ?
Kadar rezultati popisovanja pokažejo na nenadne spremembe v okolju ali na morebiten pogin večjega števila organizmov, mora upravljavec nemudoma ugotoviti vzroke za to in izvesti ukrepe za njihovo odpravo. Pri izbiri ukrepov je treba upoštevati tudi tveganje za zdravje ljudi, ki bi bilo posledica takih ukrepov. Upravljavec mora prenehati z dejavnostjo, ali pa sprejeti ukrep, ki je potreben za varovanje zdravja ljudi, če se izkaže potencialna nevarnost za zdravje ljudi, ne glede na to, ali je prišlo do neskladnosti ali ne.